1300年,群马县赤城山麓的豪族,大胡彦太郎重治迁居牛込之际,将本国的镇守、赤城神社分祀,据说这就是赤城神社的开端。
此后,经过几次迁位,1555年固定于现今所在地。
1683年被江户幕府认定为牛込的总镇守,与日枝神社、神田明神一同逐渐被习称为“江户三社”。